En la década del '40, el C. D. BADAJOZ siempre contó con excelentes equipos, clasificándose casi siempre para las liguillas de ascenso a Segunda División. Estas liguillas se jugaban con equipos tan fuertes como: ALMANSA, ELCHE, CORDOBA, MALAGA, CHAMBERI y CADIZ. También en esta época se realizaron excelentes campañas en la Copa de España, participando en eliminatorias con equipos de la talla del CORDOBA, CADIZ y SEVILLA.

En este tiempo pasaron por el C. D. BADAJOZ gran cantidad de jugadores que dejaron huella entre los aficionados y que muchos aún los recuerdan: YETO, TRELLA, GAMON, IBANEZ, INFANTES, PORTILLA, CACERES, DIAZ SACO, UCEDA, ALFARO, ISIDORO, CANDAMIO, MUNUERA, MILUCHO, ESTOMBA, HINOJOSA, TANI, OBISPO, ZAMORANO, CAMIRUAGA, ABILIO, ANDRADE, CARRILLO, PLATANITO y VALERIO.

Los entrenadores de más prestigio de aquella época eran GARROBÉ, FERNÁNDEZ, PLAKO, PEDRO BLANCO y VIDAL.

En la temporada 1952–53 se produjo el primer ascenso del C. D. BADAJOZ a la Segunda División de Liga. Quizá con el mejor equipo de todos los tiempos. Practicaban un fútbol de auténtica categoría.

Fue curioso, pues el equipo se hizo completamente nuevo, con un jugador de cada sitio y estrenando entrenador: PEPE SIERRA. Sin embargo, desde el primer momento hicieron las delicias del aficionado, jugando prácticamente con la misma formación durante toda la temporada. Así se alineaban: FÉLIX, DE LA OSA, AZCONA, FIESTAS, ZAMORITA, PABLITO, ISIDORO, ALONSO, SALVADOR, JIMÉNEZ y VELÁZQUEZ. Completaban la plantilla jugadores de gran clase: GUIJARRO, CARRASCO, CASIELLES, RABANERO, VENCES Y ANTOÑITO.

El célebre CARMELO era el masajista, quien prácticamente ha estado siempre ligado al Club.

Era el presidente del club, cuando este equipo consiguió el primer ascenso, don FRANCISCO REINA MOLINA.

Se permaneció durante siete temporadas consecutivas en la Segunda División de Liga, alcanzando casi siempre buenas clasificaciones. En una de ellas se tuvo que jugar la fase de permanencia con el JEREZ, saliendo airoso de la misma. Un año, por dificultades económicas, hubo que hacer un equipo prácticamente de la cantera, conformado por aficionados, como eran: LUZAN, CALIN, GIJON, FRUTOS, ENRIQUE y otros, con BRACERO de entrenador. Este equipo dio la sorpresa y a punto estuvo de subir a Primera División.

En la temporada 1959-60 hubo una crisis y el equipo bajó de categoría a pesar de los esfuerzos de don Pedro Navarrete, que intentó salvarla con los célebres refuerzos de UTERELO y PERIQUIN.

Después de este descenso se tuvo una gran crisis deportiva y económica, ya que no se conseguía confeccionar un buen equipo, estando en algunas ocasiones en peligro de perder la categoría nacional.

Ya en la temporada 1964-65, y bajo la presidencia de don JESUS CARRILLO LUMPIE, se consiguió de nuevo el ascenso a Segunda División, tras una excelente campaña y dramáticas eliminatorias con ATLETICO BALEARES Y TORRELAVEGA, campeones de sus grupos y a los que se dejó en la cuneta, teniendo que celebrar el desempate con la G. Torrelavega en Madrid y que terminó con 2-0 a nuestro favor con sendos goles del extremo MUÑOZ ROMERO. Impresionante lleno en el Estadio Antonio Borrachero, con mayoría de seguidores pacenses y apoteósico recibimiento de la ciudad de Badajoz al equipo.

En este partido, el BADAJOZ formó con: LEON, CARBONEL, ENRIQUE, ALCARAZ, CABELLO, PACHON, EMILIO, PEREIRA, MENCHACA, CASTILLO Y MUÑOZ ROMERO, Entrenador, SANTIAGO NUÑEZ.

En la temporada 1965/66, se perdió de nuevo la categoría y en la 1966-67, bajo la presidencia de don ANTONIO BALLESTEROS DONCEL, se volvió a recuperar la Segunda División tras quedar campeón del grupo y eliminar en la fase de ascenso al CARABANCHEL y BILBAO ATLETICO. El C. D. BADAJOZ, en San Mamés, estuvo formado por: RODRI, ANTA, ENRIQUE, HIDALGO, PEREIRA, PACHON, MONOVAR, PEREZ LOZANO, TAPIA, MEDINA y JIMENEZ. Entrenador, ABILIO RUBIO y secretario técnico, JULIO MARTIN.

Al siguiente año el equipo volvió a perder la categoría debido a la reestructuración de la Segunda División.